La qualité des eaux naturelles est suivie dans le cadre :
- de la loi sur l'eau qui précise notamment l'objectif d'atteindre une bonne qualité physicochimique et écologique d'ici 2015
- des programmes d'amélioration de la qualité des eaux superficielles tels que Bretagne Eau Pure
Indicateurs de pollution suivis :
- Nitrates
- Phosphates (PO4)
- Phosphore total (P)
- Matières organiques (ou Carbone organique total)
- Pesticides (principalement les herbicides)
- Chlorophylle - phéopigments.