La liste des paramètres contrôlés est la même que celle des eaux de mer.
Il existe un risque sanitaire supplémentaire lié au développement d'un type particulier de microalgues, les cyanobactéries, qui relarguent des toxines parmi lesquelles les microcystines LR, YR et RR qui sont surveillées.
Les zones de baignades aménagées autorisées bénéficient d'un comptage régulier du nombre de cyanobactéries et d'une mesure de la concentration en microcystine-L,R. La présence d'un de ces paramètre au delà de la concentration limite peut entraîner l'interdiction de baignade.
Résultats 2006 en Bretagne